故事背景要從21世紀初開始講起，由於人類科技的進步導致的世界大戰，還有因其造成的環境的污染，讓人類開始航向宇宙中展開新的生活，並開啟瞭「星歷00年」的世代。而根據統治者「超銀河聯合」的法令，演藝圈與歌曲等會混亂人心的東西都是被禁止的，甚至也進行瞭嚴格的取締和懲罰，為此偶像們的身影也就逐漸消失在大傢的眼前，人類的心靈也被逐漸黑暗籠罩……。 而就在「偶像」這種存在幾乎要滅絕的時候，名為「AKB0048」的偶像團體復活/誕生瞭。那是過去在地球面臨存亡之戰時，點亮人心、並歌唱、舞動至最後一刻的偶像團體「AKB48」的後繼者。AKB0048繼承瞭他們的靈魂，以非法偶像的名號登場！ 既然是非法，所以當然也無法舉辦公開的演唱會……，但是在這演藝行為被禁止的時代，更顧不得危險，她們強行前往粉絲們的所在、並為大傢展開瞭表演。這個時代的「AKB」已經從「想看就可以去看的偶像」進化成為「會前來表演給你看的偶像」！在這個黑暗的世界中，她們將以「奇跡的演唱會」為失去夢想的人們帶來充滿希望的未來。 但是，壓倒性的影響力也襲向這些女孩們，無視於聯合政府進行活動的她們，理所當然就被認定為是恐怖份子，為瞭保護自己