故事發生在2060年——不遠未來的日本,科學警察研究所 法醫第九研究室（通稱“第九”）。在這裡,所有因極兇犯罪事件而喪命的被害者、嫌疑人以及罪犯的大腦被集中進行調查。死亡後,在一定時間內取出沒有損傷的大腦進行處理並予以電流刺激,可以讓腦部保持生前的生理狀態。采用這種被成為MRI的調查法,可以讓這些被害者、罪犯們在生前所見的一切在屏幕上再現（最早可追溯到五年前）。病榻上瀕臨死亡的老者向前來聆聽其懺悔的神父講述瞭一個他埋藏在心底60年之久的秘密——60年前他曾經誘拐並殺害瞭一個小孩。警方根據其提供的地點挖出瞭一具蠟化屍體,然而這具屍體卻並非老者所埋的兒童,而是一名四五十歲男子。三好醫生向薪先生申請用MRI調查這具蠟化屍體的大腦卻遭到拒絕,青木為此首次頂撞薪先生……對蠟化屍體大腦的調查最終得以進行。但這也許是一具不要被挖掘出來,永遠留在地下反而會更好的屍體……